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발톱무좀은 바르는 약이 단단한 발톱을 뚫기 어려워, 발톱 끝 일부만 변한 초기에만 외용제로 시도할 수 있다. 절반 이상 번졌거나 뿌리까지 침범했거나 당뇨 같은 기저질환이 있으면 먹는 약과 확진이 필요한 단계다. 발톱 변형이 모두 무좀은 아니므로, 범위와 깊이, 기저질환을 기준으로 병원 진료 여부를 판단하면 된다.
발톱무좀은 바르는 약만으로도 초기에는 효과를 볼 수 있지만 단독 치료율이 30~50%에 그쳐, 침범이 넓으면 먹는 약이 필요하다. 먹는 항진균제는 발톱 안쪽에서 작용해 치료율이 54~70%로 높지만 처방과 간기능 확인이 따른다. 균이 죽어도 새 발톱이 다 자라기까지 12~18개월이 걸리므로, 증상이 사라졌다고 약을 끊으면 재발하기 쉽다.